Intorno alla metà del XVI secolo la Nuova Gerusalemme di Varallo divenne modello per la realizzazione architettonica ed urbanistica dei Sacri Monti. Dopo la prima fase di fondazione, i lavori ripresero con nuovo vigore intorno al 1560, promossi dalla famiglia d’Adda, nobili milanesi di origine valsesiana, che chiamarono l’architetto perugino Galeazzo Alessi, rinomato esponente del Rinascimento italiano già attivo a Roma, a Genova e a Milano.

L’Alessi, che illustrò il suo progetto nel Libro dei Misteri, propose un vero e proprio piano urbanistico, organizzato con edifici e percorsi ben definiti, con l’obiettivo di realizzare un itinerario didattico-religioso dedicato all’illustrazione della Vita di Gesù secondo un criterio cronologico che si sostituisse all’impostazione topografica ed evocativa dei Luoghi Santi di Palestina, voluta dal Caimi.

Di quel grande progetto furono realizzati soltanto l’arco di ingresso, la prima cappella e parte dei tracciati e delle piazze a causa dell’intervento di San Carlo Borromeo, allora Vescovo di Milano, che si oppose alla monumentalità della proposta dell’Alessi in quanto avrebbe profondamente modificato lo spirito, semplice e francescano, dato all’origine dal Caimi e da Gaudenzio Ferrari.

Anche per l’edificazione degli altri complessi il Borromeo introdusse per la prima volta alcune regole costruttive e, nelle sue intenzioni, queste dovevano essere in stretta relazione con le nuove esigenze di impostare correttamente la catechesi religiosa.

Tuttavia, anche se realizzato solo in parte, il progetto dell’Alessi produsse un effetto emulativo anche negli altri casi, che adotteranno per le nuove cappelle dei progetti caratterizzati da un disegno architettonico più evoluto. Tutti i Sacri Monti ideati dal 1590 in poi saranno infatti costruiti secondo un progetto ordinatore, dettato da un programma architettonico ideale, ma questo sarà sempre sottomesso, come voleva il Borromeo, ad una particolare attenzione ai temi esemplari della didattica religiosa.

Le cappelle, non saranno soltanto dei contenitori edilizi delle scene, costruiti secondo l’uso locale da semplici capomastri, ma assumeranno anche particolari caratteristiche architettoniche e scenografiche che, seppur diverse da luogo a luogo, seguiranno sia le regole dettate dagli artisti e dagli architetti chiamati ad operare sia quelle impartite dalle rispettive diocesi, all’epoca quasi tutte dipendenti da quella di Milano.

Esempio particolarmente significativo di questo modo di intendere la costruzione è quello di Varese, dove si verifica l’unitarietà fra gli intenti religiosi del suo ideatore, padre Giovan Battista Aguggiari, e quelli del suo progettista, l’architetto Giuseppe Bernasconi, che contribuiranno ad un risultato scenografico compiuto, stilisticamente omogeneo e unitario.